Collaborations

我們的專長是細菌基因體定序(de novo sequencing, complete sequencing)、基因注解(genome annotation)、比較基因體學(comparative genomics)研究。我們的研究主要應用在以致病菌的基因體定序分析探討細菌的抗藥性與致病性。我們在細菌基因體定序與基因體學的研究上有豐富的經驗,也與國內外許多臨床細菌學,環境細菌學,或是醫學相關的研究單位有研究合作關係。

除了本校的幾個研究團隊之外,我們的研究合作夥伴還包括來自國家衛生研究院分子與基因醫學所、感染症研究組、中山醫學大學、彰化基督教醫院以及其他國內外的研究團隊。一直以來有許多關於基因體相關的合作研究在進行中。

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近年我們主要執行的科技部研究計劃有:

台灣沙門氏菌臨床分離株質體攜帶奎諾酮抗性的基因體學分析(國科會100年度)
尋找全基因體散彈槍定序數據中不能被選殖的基因(國科會100年度)
產酸克雷白氏菌之全基因體定序與分析(國科會101年度)
克雷白氏肺炎菌基因體小島的功能性基因體學研究(國科會102年度)
臨床細菌基因體學產業發展聯盟(科技部103年度)
臨床細菌基因體學產業發展聯盟(科技部104年度)
普通變形桿菌與奇異變形桿菌基因毒性株的基因體學研究(104年度)
克雷白氏肺炎菌K62基因毒性株之基因體學研究(105年度)
基於泛基因組的伊莉莎白菌院內群突發監測系統與其毒力因子的研究(107年度)

對細菌的基因體學研究有興趣,歡迎與我們攜手一起努力喔!


為什麼我們對研究細菌有興趣?
不只是因為細菌比較小,系統比較簡單,研究起來比較容易,實驗做起來比較省錢而已….

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歷經了35億年的演化,細菌不僅成功地生長在地球的每個有生命的角落,也支持著整個生物圈的生存。不管是從演化的時間,還是生存的範圍來說,微生物的基因庫可說是生命在地球生存的一部百科全書。雖然幾乎無所不在,但是細菌真正被我們所瞭解的其實還很少。相對於其他的生物,已知的細菌通常有著較小的基因體,從這樣的角度來看,細菌的基因體似乎也很適合被用來系統性的探討各種生命的基礎現象。

如果你是外星人,你想知道在地球上生存需要哪些基因,那麼研究細菌的基因體會是最好的方式。

您知道嗎?我們人類全身大約是由十兆個各式各樣的細胞構成的。即使在我們這副身體上,也隨時住著比我們自己的細胞還多上百千倍數量的細菌。細菌不止與我們的疾病有關,在我們的健康生活上,細菌也扮演著重要的角色。

不管來自外在環境或者其他物種的體內,很多的細菌其實從來沒有成功地在實驗室中被培養出來。高通量核酸定序技術(High throughput DNA sequencing technology)的發展,使我們得以發現並且研究這些微生物。細菌基因體學在近幾年蓬勃的發展。越來越多的細菌基因體可以快速廉價地被解碼。這些隻是將使得人類能在醫療、農業、廢棄污染處理、新能源開發、工業製程、乃至於太空科技上有更多新的啓發與突破。

我們的研究興趣是影響人類健康的細菌的基因體學研究,研究方向有二:第一,是針對抗藥性菌株的抗藥基因體學研究,尋找新的抗藥基因、分析抗藥基因在動基因體中的組成結構與可能的傳遞散播模式。第二,是利用基因體學研究細菌基因體中可能影響人類健康或破壞正常菌相平衡的毒性基因。


Strain/DNA Requests

Published materials are available for qualified researchers. Since some of the published bacterial strains/genetic materials are still under investigation, the distribution of these materials is regulated to avoid conflicts between ongoing projects. We are doing functional genomics research and most of the bacterial strains and DNA are provided by our collaborators. We do not own these materials and therefore do not keep the bacterial strains or DNA in our lab for long term.

If you are interested in getting the bacterial strains/DNA samples you may write a request email to Dr. Ying-Tsong Chen (onion@nchu.edu.tw). Please also provide a concise description on your research project, the research aims, and how the requested materials will help. For the bacterial strains collected/isolated by my collaborators, I will forward your request to them (mostly microbiologists from the hospitals/universities in Taiwan). Since in most of the circumstances they will carry out some functional studies after we finished/published the genomes, the materials will not be shared with other researchers for the same purpose as long as our collaborator still actively working on that same problem.

Recipients of materials should accept the responsibility to use the materials only for the purpose described in the request, not to pass on to a third person, unused materials should be destroyed at the termination of the project.

We have limited manpower and handling material transfer overseas is really a pain. If DNA alone is ok for you, please do not ask for bacterial strains.