NOTES
Notes
Research stories, methods, computing notes, and reflections from the laboratory.
這裡收錄研究室工作過程中累積的研究故事、方法筆記、資訊系統實作，以及教學與研究相關的想法。
01
Research Stories
Stories behind research projects, discoveries, collaborations, and scientific questions.
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當細菌偷來的不只是抗藥基因
Plasmid-borne transcriptional regulator RamAp modulates Salmonella genes for environmental and host adaptation. https://doi.org/10.3389/fmicb.2026.1842592…
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From Idea to Genome: Reconstructing Wolbachia Using Adaptive Sampling
從「讀取」到「選擇」：Adaptive Sampling 如何改變基因體定序的可能性 我們最近將一項研究成果放上了 bioRxiv：https://doi.org/10.64898/2026.03.25.714109這項工作，其實從一個很單純的問題開始。 胞內共生菌的基因體 Wolbachia 是一種存在於昆蟲體內的胞內共生菌，在基礎研究與病媒控制中都相當重要。 但在實務上，它一直有一個困難—— 它幾乎永遠被宿主的 DNA 淹沒。…
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基因體告訴我們的事：關於人類適應型 MRSA CC398
Genomic and phylogenetic characterization of human-adapted methicillin-resistant Staphylococcus aureus clonal complex 398 lineages in…
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Genotoxic Klebsiella pneumoniae in Taiwan
PLoS One. 2014 May 22;9(5):e96292. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24852749 研究在問什麼問題？在完成 Klebsiella pneumoniae 1084 的完整基因體定序後，我們注意到其染色體上存在一段結構與功能都相當不尋常的 genomic island。過去多項流行病學研究指出，K. pneumoniae 引起的肝膿瘍與宿主日後罹患癌症的風險之間存在統計上的關聯，但背後的生物學機制並不清楚。本研究關注的是，K.…
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有些細菌不是突然出現，而是我們現在才看得懂
The Evolutionary Trend and Genomic Features of an Emerging Lineage of Elizabethkingia…
02
Methods & Bioinformatics
Notes on sequencing methods, genomic analysis, workflows, and bioinformatics tools.
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CulebrONT安裝筆記(新）
現在拿長序列做基因體的散彈槍定序組裝，可以用的生物資訊工具真的很多。問題是，選用怎樣的工具組裝比較好？這個叫做culebrONT的開源Snakemake pipeline是一個很有用的東西，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程。以下是我們在舊的Z600電腦工作站上重新安裝culebrONT的筆記。 安裝作業系統 我們這台是修修補補過的HP Z600老電腦工作站，硬體規格是Xeon E5620x2 8 cores 24GB DDR3-1333 ECC Registered…
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MinKNOW update has encountered an error (Mk1C)
換R10之後，有一段時間沒有用這台mk1c，拿出來開機發現UI顯示系統軟體跟MinKNOW有一些更新可以安裝，手癢就按下去了。用UI進行系統軟體的更新沒有什麼問題，但是MinKNOW的部分就不行了。更新前這台的MinKNOW版本是23.07.12，從UI按下更新之後，會卡在這個： 這個用UI沒有辦法解決，重開機也沒有用，他底下寫了建議用apt-get update去試試看…. 意思就是要用SSH了吧 Mk1C是可以用SSH連上去的，首先你要知道他的IP，這不難，在UI介面上很容易找得到，這台走DHCP分到的IP是192.168.2.43。 拿我的Macbook Air從Terminal連進去吧： 帳號叫做minit，密碼也是minit 爲什麼？先前有一個很妙的東西叫做minit你們知道吧？那時候呀… (秘密). 進去之後照這個頁面的作法apt看看 但是不行，簡單來說你要安裝…
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安裝Singularity然後Go compiler not found！
這是有關Singularity https://github.com/sylabs/singularity 在Ubuntu上安裝的筆記
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在Ubuntu安裝Unicycler
我們安裝了新的Ubuntu，然後在上面安裝unicycler。
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Ubuntu22 for MinION mk1B (安裝筆記)
我們把舊的電腦工作站SSD化之後，想要用來跑Nanopore定序(配合mk1B)。以下內容是安裝過程的筆記。我們要安裝的是Ubuntu 22 (Jammy Jellyfish)還有MinKNOW，說簡單是蠻間單的，但是中間也有遇到一些些小狀況。
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PGAP安裝筆記
2023 by RY Li PGAP github連結：https://github.com/ncbi/pgap/wiki
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CulebrONT安裝筆記
基因體散彈槍定序的生物資訊工具很多，由於核酸定序的數據樣態隨著科技進步不斷改變，怎樣選擇這些生物資訊工具其實是個大問題。我們來試試這個CulebrONT，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程，這篇是我們的安裝筆記。CulebrONT發表原文出處
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Genomic Informatics for Beginners #2
This is a summary of the lecture content for the ourse ‘Shotgun…
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Genomic Informatics for Beginners #1
Working with CLI – What you need to know This is a…
03
Computing & Systems
Practical notes on servers, FreeBSD, WordPress, research computing, and laboratory infrastructure.
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關於 CitePress WordPress Plugin
CitePress CitePress 是一個 WordPress plugin，用來從研究者的 ORCID record 建立格式一致的學術著作清單。 Current version: 0.6.2Tested with: WordPress 7.1…
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vi
vi是一個古老(?)的文字編輯器，它廣泛被預設安裝在各種Linux與FreeBSD系統上(還有MacOS)，可以直接透過CLI(command line interface)來操作。對於學習生物資訊的同學來說，你可能經常會需要透過SSH練線來編輯或修改一些用手稿語言寫成的文件。如果能熟悉vi的基本操作，對工作的效率會有很大的幫助。不過學習vi編輯器的使用，對於一向習慣使用視窗環境的初學者來說，會需要一些時間和耐性。以下整理了我在課堂上所講的相關內容：
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安裝Anaconda給大家用(Multi-user Anaconda installation)
Ubuntu的使用者user01自己安裝anaconda的話，它會裝到/home/user01/anaconda3去。但是我們也想讓裡面其他帳號的使用者都能用，怎麼做呢？我們的想法是建立一個叫做anaconda的群組，然後讓所有被加進這個群組的使用者們(user01, user02, user03, etc.) 都能在這台Linux上使用anaconda。
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在App Store找藏起來的東西
老Mac想升級，但是App Store找不到舊的MacOS版本
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繞過WordPress後台把plugin關掉
WordPress是個蠻普遍的自由開源部落格軟體和內容管理系統，本網站也是用這個裝的。他有蠻便利的後台管理介面，透過這樣的介面，使用者除了可以寫作、編排內容、安裝修改佈景主題，還可以安裝各種外掛程式(plugins)來擴充網站的功能。
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讓mySQL提供服務給外部使用
通常大家用電腦裝Apache-PHP-mySQL架設像是Wordpress之類的網站來玩的時候，你裝的mySQL server都是僅提供服務給位在同一台主機上的網站。這時候任何從外面來的mySQL服務請求，預設都是會被拒絕的。但是，如果你是要讓你的mySQL提供服務給其他主機使用，要怎麼修改設定呢？以下是簡單的做法：
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在CLI進行Ubuntu更新
其實可以用就不要亂動，但是你真的手癢的話….
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Apache24+php80+WordPress
Apache是一個開放原始碼的網頁伺服器軟體，我們在FreeBSD底下可以用port來安裝apache24：
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mySQL安裝與設定
MySQL 是一個快速、多執行緒、多用戶、強大的SQL（結構化查詢語言）資料庫伺服器。因為我們網站是用wordpress架的，wordpress是個基於PHP與MySQL的開源部落格軟體內容管理系統。要跑Wordpress，我們得提供它一個可以用的MySQL資料庫才行。而我們是這樣用ports在FreeBSD系統底下安裝與設定mySQL的，很簡單：
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用Ports安裝並管理FreeBSD系統裡的第三方軟體
FreeBSD 提供了兩種第三方軟體的安裝與管理方式︰一個是由原始碼安裝的 Port 套件集，另一個是用預先編譯好的 Binary 安裝的 Binary 套件集。以下是我們用ports在這裡安裝第三方軟體的做法：
04
Teaching & Reflections
Teaching notes, observations, ideas, and reflections on research and academic life.
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Nanopore的魚類圖鑑
大家知道一直以來我們做Nanopore Sequencing 會接觸到的許多軟體其實都是用魚的名字命名的嗎？(如果鯛魚燒也算的話) 原本只是作Nanopore定序，沒想到意外開啟了「魚類小圖鑑」之路。從長鰭鮪魚, 孔雀魚, 竹筴魚, 鬼頭刀到鯛魚(燒)等等，這些原本對我們做細菌的來說只是陌生的英文單字，現在竟然變成了熟悉的水中夥伴。誰會想到，一個做基因體生物資訊的人，最後記住魚的名字不是因為接觸魚類生態課，也不是釣魚，而是因為…軟體。學習的路上常常充滿意外的收穫，而這些魚的名字，也為我們在實驗室的工作多增添了幽默感和生命力。
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用Excel來抽獎
有時候我們會需要從一份名單裡面隨機抽獎，其實不難，用Excel就可以簡單做到喔！
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給我的學生們：為什麼你該把英文學好？
英文是科學領域的共通語言 English is the language of science and technology.在我們的學術領域，不管是科學文獻、學術交流、還是研究成果的發表，大部分都是使用英文。身為研究生的各位，應該把自己當作在扮演一個年輕科學家，對自己的英文能力的要求要有稍微高一點的標準才好。提升你的英文能力能幫你快速地閱讀和理解第一手的科學文獻、聽懂科學演講、在學術會議上與他人進行交流，並且讓你在未來撰寫科學論文和研究計畫時更順利。
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我想讀碩博士，要不要先去找教授？
YES, I think you should reach out to professors before graduate school applications. 我建議你應該要！