MILESTONES
Milestones
Selected moments in the laboratory’s research, people, collaborations, and development.
記錄研究室歷年重要的研究成果、成員活動、合作，以及發展過程中的重要時刻。
2026
AUGUST
兼任基因體暨生物資訊所 所長
校長頒發新任主管聘書
JUNE
2026的畢業生
賀研究團隊楊同學與黃同學順利取得碩士學位
MAY
Another Piece of the RamAp Puzzle
What started as an unexpected plasmid-borne ramA homolog gradually evolved into a much longer story. With this paper accepted, another chapter of the RamAp journey has been written.
MARCH
Our Journey into Wolbachia Research
Somewhere along the way, our microbial genomics lab started to spend more and more time thinking about mosquitoes.
2025
WINTER
Genomic Insights into Human-Adapted MRSA
吳宗樺醫師與碩士班吳詠婕同學完成彰濱秀傳紀念醫院 MRSA 菌株之基因體分析研究，相關成果順利發表在Microbiology Spectrum，進一步揭示臺灣人類適應型 CC398 MRSA 的基因體特徵與演化樣貌。
DECEMBER
Taking Our Research to Yokohama
楊珵皓與黃唯剛的壁報論文在日本分子生物學會年會發表壁報，分別就黴漿菌基因體與沃爾巴氏體研究兩個主題，與來自不同領域的研究人員交流。
NOVEMBER
A New Workhorse Joins the Lab
A Fujitsu PRIMERGY RX4770 M3 joined our laboratory computing infrastructure.
JULY
2025畢業的夥伴們
恭喜陳彥彤與吳詠婕順利取得碩士學位
2024
SEPTEMBER
博碩班出國發表
博班的吳宗樺、碩班的吳詠婕、陳彥彤在日本福岡的國際學術研討會發表演講與壁報論文
OCTOBER
參加IMGM Poster Day
碩班的吳詠婕與陳彥彤在國家衛生研究院IMGM Poster Day發表壁報論文
SUMMER
2024碩士班畢業生
萬美秀、葉文盛獲得基因體暨生物資訊研究所的碩士學位
2023
DECEMBER
BE KOBE
我們團隊碩士班二年級的研究生萬美秀、葉文盛到日本神戶發表研究成果(海報+三分鐘演講)。
SUMMER
2023年的畢業生
洪羽屏取得醫學生物科技博士學位學程的博士學位
李柔荑取得基因體暨生物資訊所的碩士學位
2022
DECEMBER
第一次出國就演講
李柔荑是基資所的碩班生，2021年暑假加入我們研究團隊。2022年12月，李柔荑與洪羽屏到日本發表了各自研究的壁報論文，並且獲選上台進行演講。
SEPTEMBER
參觀新校區
暑假結束，學校開始有巴士往返中興新村的新校區了。這張相片是博班生羽屏，剛剛畢業的靖淳、育靜、升上碩二的柔荑，以及碩一新進的兩位同學萬美秀、葉文盛，難得大家有機會一起到新校區拍下的。
AUGUST
升等為教授
研究室主持人8月起升等為教授。
JULY
圖書館的角落 A cozy corner in the library
黃靖淳 取得碩士學位
姚育靜 取得碩士學位
FEBRUARY
沙門氏菌的新型多重抗藥因子 Salmonella studies
來自CDC的洪羽屏在2018年加入我們團隊，是生科院博班的在職生。2021年通過資格考，2022年她在沙門氏菌抗藥菌株的研究成果發表了主要的期刊論文：Hong YP, Wang YW, Chen BH, Song HY, Chiou CS, Chen YT*. RamAp, an efflux pump regulator carried by an IncHI2 plasmid. Antimicrob Agents Chenother. 2022. 66(1):e01152-21.
2021
DECEMBER
合作無間 Co-authorship
基資所碩士班的姚育靜、黃靖淳在2020年進入我們團隊。在細菌外排幫浦的功能性研究以及其他幾個基因體合作研究中都有許多的成就。這是在國外的學術研討會線上發表後拍攝的。
JUNE
COVID-19疫情中的遠距論文口試 To defend thesis remotely
李育霖 取得博士學位
廖怡慈 取得碩士學位
簡少平 取得碩士學位
JUNE
我們團隊裡的第一個博班生 The first PhD student in our team
彰化基督教醫院的李育霖醫師自2014年加入我們，李醫師是醫學科學博士學位學程的博士班學生，也是我們團隊的第一個博班生。李醫師在Elizabethkingia anophelis的臨床細菌基因體研究做出了重大的貢獻。Lee YL, Liu KM, Chang HL, Lin JS, Kung FY, Ho CM, Lin KS, Chen YT*. A dominant strain of Elizabethkingia anophelis emerged from hospital water system to cause a three-year outbreak in a respiratory care center. J Hosp Infect. 2021. 108:43-51.
SUMMER
Long read sequencing in Microbial Genomics
基資所碩士班的廖怡慈、簡少平在2019年進入我們團隊。這兩位在我們團隊的期間，是我們將Nanopore長序列定序技術導入基因體定序工作流程的關鍵。
APRIL
踏進了靠GPU定序的世界
為了Nanopore Sequencing的Basecaller，我們買了RTX4000，這是我們實驗室第一次購置的專業顯卡。
JANUARY
Brand New Nanopore Sequencer
購置了Nanopore Mk1C
2020
JUNE
第一位來自碩專班的成員
來自彰化基督教醫院的張蕙蘭是我們團隊第一位碩士在職專班的學生。
SUMMER
一起畢業啦！
劉冠鳴 取得碩士學位
林宜蓁 取得碩士學位
張蕙蘭 取得碩士學位
謝謝清華大學的魏琪娟來當我們的研究室之友！
2019
NOVEMBER
第一次帶研究生出國
Kuan-Ming Liu, MBSJ2019, Fukuoka
Poster presentation
SUMMER
2019的畢業生
徐銘鴻 取得碩士學位
JULY
iSeq100 Sequencing Frenzy
進入iSeq100定序實驗的高峰期
JUNE
GPU-Accelerated Nanopore Basecalling
升級 GTX 1080，為 Nanopore 定序資料導入 GPU basecalling
MARCH
Nanopore Sequencing Mini Workshop
The first Nanopore sequencing run in our lab
2018
OCTOBER
Nanopore Day Singapore
One step towards long read sequencing…
OCTOBER
Illumina iSeq 100 Open Box
我們研究室開始有了第一台NGS設備！
SUMMER
畢業生代表致詞
廖崇安 取得碩士學位
MARCH
Illumina NGS Workshop
廖崇安在2016年入學，徐銘鴻是次年(2017)進入我們實驗室。兩位碩班生恰好經歷了我們Illumina NGS設備進行建置的時期。我們團隊中第一批完成NGS操作訓練的成員就從這時開始了。
2017
SUMMER
2017的畢業生
劉禹含 取得碩士學位
黃歆穎 取得碩士學位
MARCH
第一次參加IMGM Poster Party
我們研究生到國家衛生研究院分子與基因醫學研究所的Poster Party發表壁報論文
JANUARY
方翔 取得碩士學位
老師買了義式咖啡機！
2016
JUNE
研究室的成員
方翔是2014年基資所入學的碩班研究生，一起拍照的是2015年入學的兩位碩士生劉禹含與黃歆穎。
2015
NOVEMBER
得獎
老師獲獎成為中興大學104學年度優良通識教師
JULY
畢業口試後的合照
張詠鈞 取得碩士學位
洪義閔 取得碩士學位
黃意真 取得碩士學位
JUNE
Dell R815
購置了新的伺服器 + 磁碟陣列
FEBRUARY
升等為副教授
研究室主持人2015年2月起升等為副教授
2014
MAY
基因毒性克雷白氏肺炎菌的研究發表
Lin AC, Liao TL, Lin YC, Lai YC, Lu MC, Chen YT*. Complete Genome Sequence of Klebsiella pneumoniae 1084, a Hypermucoviscosity-negative K1 Clinical Strain. Journal of Bacteriology. 2012. 194:6316.
MAY
Genotoxic Klebsiella pneumoniae
在IMGM Poster Day發表了壁報
2013
SEPTEMBER
研究室熱鬧起來了
2013年黃意真、洪義閔、張詠鈞三位基資所碩士班的新生一起加入了我們的研究團隊。(這張合照是多年之後拍的)
JUNE
謝謝國科會
研究室在國科會計劃的支持下購置了桌上型高速離心機
JULY
第一屆的畢業生
彭士銘 取得碩士學位
陳俊翔 取得碩士學位
APRIL
國衛院高通量定序設施參訪
由於研究室主持人同時以合聘助研究員身份協助454GS Junior高通量核酸定序設施在國衛院的運作，研究生們有機會來現場參訪高通量定序的實際運作。在這台Roche 454GS Junior上，我們曾經以long pair end技術完成了許多早期的細菌全基因體定序計劃。
SPRING
團隊草創時期的研究生們
2011年的秋天，研究室開始有第一批學生加入。最開始兩三年期間的草創時期，我們要克服的困難很多，照片裡的研究生是最初兩年進入我們研究室的士銘、俊翔、政國、與幸妤。
2012
SEPTEMBER
Undergraduate Teaching Begins
Biochemistry
SPRING
研究室網站啟用
Megagenome website launched
WordPress on FreeBSD
2011
MAY
基資所新研究室的工程接近完成
Spring has arrived in Taichung, and the construction of the laboratory is getting closer to completion.
