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  • MinKNOW update has encountered an error (Mk1C)

    換R10之後,有一段時間沒有用這台mk1c,拿出來開機發現UI顯示系統軟體跟MinKNOW有一些更新可以安裝,手癢就按下去了。用UI進行系統軟體的更新沒有什麼問題,但是MinKNOW的部分就不行了。更新前這台的MinKNOW版本是23.07.12,從UI按下更新之後,會卡在這個:

    MinKNOW update has encountered an error
    Update failed. Reboot your device. If the problem persists contact Oxford Nanopore Tech Support by logging in to your Community
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    這個用UI沒有辦法解決,重開機也沒有用,他底下寫了建議用apt-get update去試試看…. 意思就是要用SSH了吧

    Mk1C是可以用SSH連上去的,首先你要知道他的IP,這不難,在UI介面上很容易找得到,這台走DHCP分到的IP是192.168.2.43。

    拿我的Macbook Air從Terminal連進去吧:

    帳號叫做minit,密碼也是minit

    爲什麼?先前有一個很妙的東西叫做minit你們知道吧?那時候呀… (秘密).

    進去之後照這個頁面的作法apt看看

    但是不行,簡單來說你要安裝 Guppy basecaller 時,需要從 ONT 官方網站或指導中獲取必要的密鑰,這些密鑰不在 Ubuntu 的預設軟體倉庫中,你得去 ONT(Oxford Nanopore Technologies)那裡拿到密鑰。

    這裡有解決的方法如下:

    sudo apt-get update
    sudo apt-get install wget lsb-release
    export PLATFORM=$(lsb_release -cs)
    
    wget -O- https://mirror.oxfordnanoportal.com/apt/ont-repo.pub | sudo apt-key add -
    
    echo "deb http://mirror.oxfordnanoportal.com/apt ${PLATFORM}-stable non-free" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nanoporetech.sources.list

    下載完成之後,你應該可以成功進行apt update了:

    sudo apt-get update
    sudo apt install ont-mk1c-release

    完工之後 sudo reboot,重新開機之後,UI上就出現這個畫面了!成功啦!

  • vi

    vi是一個古老(?)的文字編輯器,它廣泛被預設安裝在各種Linux與FreeBSD系統上(還有MacOS),可以直接透過CLI(command line interface)來操作。對於學習生物資訊的同學來說,你可能經常會需要透過SSH練線來編輯或修改一些用手稿語言寫成的文件。如果能熟悉vi的基本操作,對工作的效率會有很大的幫助。不過學習vi編輯器的使用,對於一向習慣使用視窗環境的初學者來說,會需要一些時間和耐性。以下整理了我在課堂上所講的相關內容:

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  • 用Excel來抽獎

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    有時候我們會需要從一份名單裡面隨機抽獎,其實不難,用Excel就可以簡單做到喔!

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  • 在Ubuntu安裝Unicycler

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    我們安裝了新的Ubuntu,然後在上面安裝unicycler。

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  • 安裝Anaconda給大家用(Multi-user Anaconda installation)

    安裝Anaconda給大家用(Multi-user Anaconda installation)

    Ubuntu的使用者user01自己安裝anaconda的話,它會裝到/home/user01/anaconda3去。但是我們也想讓裡面其他帳號的使用者都能用,怎麼做呢?我們的想法是建立一個叫做anaconda的群組,然後讓所有被加進這個群組的使用者們(user01, user02, user03, etc.) 都能在這台Linux上使用anaconda。

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