Nanopore Mk1C 軟體升級(2023年初)

Certificate憑證過期所以不能用了！？

有一天中午，我們研究生把剛做好的library滴進去一片先前QC沒過的flowcell要做定序，她想說按下去就可以去吃飯了，這時才突然發現Mk1C不能定序了。操作畫面卡在選擇kit的地方，「繼續下一步」的按鈕不給按了。

狀況是，這台Mk1C上的MinKNOW版本還在22.05.8 (bionic)，接上網際網路似乎都有自動檢查軟體更新，但不管是MinKNOW還是作業系統，都沒出現可以更新軟體的選項。而官網上MinKNOW的版本都升級到22.12.5了，這究竟是怎麼回事呢？

其實社群官網在2023年一月下旬曾有貼過一則相關說明，上面的解釋大概是說：由於憑證過期，使用較舊 MinKNOW 版本（MinKNOW 版本 22.05.8 或更舊）會無法定序。為了讓MinKNOW 可以運作，你需要升級到較新的版本或設法更新你裝置裡的憑證。否則你無法成功完成flowcell的QC，要執行定序時，會在選擇kit處卡住，而無法執行定序。

好，因為我們在Mk1C的內建螢幕UI上沒辦法進行升級，加上實驗已經箭在弦上，所以當時我們採取了「急救」的做法：先把憑證裝上去。

安裝新憑證的急救作法如下：

1. 到官網社群下載新的certificate file (new-certs.zip)，unzip你會得到兩個檔案localhost.crt與localhost.key。
2. 用SSH連線到Mk1C (預設的帳密都是’minit’)，找到/opt/ont/minknow/conf/rpc-certs，把裡面的localhost.crt與localhost.key更名(留存以防萬一)
3. 用SFTP把下載到的新localhost.crt與localhost.key丟到rpc-certs底下。
4. 在Mk1C上重啟MinKNOW(flowcell都不要動它)，這樣22.05.8就可以順利進入定序程序了。

這樣雖然可以急用，長遠來說將來還是不行的(新的flowcell跟kit就要席捲而來了)，所以實驗順利完成後，我們還是得更新它的軟體才行。

註：目前官網社群那個下載new-certs.zip的載點已經下架了。

把Mk1C上看似不能升級的MinKNOW從22.05.8升級上去

更新的方法如下(官網社群貼文教的)：

1. Mk1C開機，接上網路
2. 找台電腦，用SSH連線到Mk1C (預設的帳密都是’minit’) ，在裡面執行以下指令：

$ sudo apt update

$ apt download minknow-core-minion-1c-offline

$ dpkg-deb --extract minknow-core-minion-1c*.deb minknow 

其實這裡官網貼文寫成dpkg-deb –extract minknow-core-minion-nc_*.deb minknow，那樣錯得很明顯，照著做當然不行，你不能不用腦什麼指令都上網剪貼隨便照著硬幹呀！

接下來：

$ sudo mv -fv minknow/opt/ont/minknow/conf/rpc-certs/localhost.* /opt/ont/minknow/conf/rpc-certs/

$ rm -fr minknow

$ sudo systemctl restart minknow.service

這樣會重新啟動MinKNOW，如果Mk1C上的MinKNOW卡在「要不要重啟」，就按下去重啟MinKNOW吧！

你可以把Mk1C重開機，看看是否一切正常。

以下是可能會卡住的地方，但是官網沒有教的：

其實在一開始的sudo apt update就可能會卡住了！執行sudo apt update可能會出現含有這樣內容的錯誤訊息：

Err:3 https://cdn.oxfordnanoportal.com/apt bionic-stable-mk1c InRelease
  The following signatures couldn't be verified because the public key is not available: NO_PUBKEY 

W: An error occurred during the signature verification. The repository is not updated and the previous index files will be used. GPG error: https://cdn.oxfordnanoportal.com/apt bionic-stable-mk1c InRelease: The following signatures couldn't be verified because the public key is not available: NO_PUBKEY 94565B8938B1CC97

所謂APT（Advanced Packaging Tool）是 Ubuntu (Mk1C的作業系統) 中管理軟體套件的工具。當你執行 sudo apt-get 命令時，它會負責檢查系統中配置的軟體套件庫，然後幫你下載、安裝或升級套件及其相依套件。當你在使用 sudo apt-get 命令時，如果出現 “NO_PUBKEY” （找不到public key）的錯誤訊息，這通常是由於 APT 無法驗證套件的真實性，這種情況發生的原因，通常是因為你要用的套件庫的 GPG 金鑰沒有被添加到你的系統（比較糟糕一點或許是套件庫被駭客給惡搞了）。要解決NO_PUBKEY問題，你需要將套件庫的 GPG 金鑰導入你的系統中。其實你可以在套件庫的網站或金鑰伺服器上找到金鑰，然後使用 apt-key 命令將其導入你的系統。以上面的錯誤訊息來說，它是叫94565B8938B1CC97的PUBKEY，所以我們的解決方法如下：

$ sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys 94565B8938B1CC97

做完這個動作之後，你就可以順利進行 sudo apt update囉！