Microbial Genomics Core Laboratory, Graduate Institute of Genomics and Bioinformatics, NCHU, Taiwan
Genomic and phylogenetic characterization of human-adapted methicillin-resistant Staphylococcus aureus clonal complex 398 lineages in Taiwan Microbiology Spectrum https://doi.org/10.1128/spectrum.02090-25 其實在臨床上談到 MRSA，多半還是把它當成一個「抗藥性很麻煩的細菌」來理解。但如果把時間拉長來看，MRSA 從來就不只是醫院裡的問題，它一直在不同環境之間流動，也在不同宿主之間嘗試適應。 在開始談這項研究之前，或許還是需要先簡單說明一下，什麼是
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我們把舊的電腦工作站SSD化之後，想要用來跑Nanopore定序(配合mk1B)。以下內容是安裝過程的筆記。我們要安裝的是Ubuntu 22 (Jammy Jellyfish)還有MinKNOW，說簡單是蠻間單的，但是中間也有遇到一些些小狀況。
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基因體散彈槍定序的生物資訊工具很多，由於核酸定序的數據樣態隨著科技進步不斷改變，怎樣選擇這些生物資訊工具其實是個大問題。我們來試試這個CulebrONT，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程，這篇是我們的安裝筆記。CulebrONT發表原文出處
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This is a summary of the lecture content for the ourse ‘Shotgun Sequencing – Principle and Experiments’ in IGB, NCHU.
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從散彈槍的FASTQ產出「一個圈圈」的好工具
Read MoreThe Evolutionary Trend and Genomic Features of an Emerging Lineage of Elizabethkingia anophelis Strains in Taiwan https://doi.org/10.1128/spectrum.01682-21 有些研究，回頭看才會發現，它其實早就開始了，只是當時我們還不知道。 幾年前，我們在醫院裡看到一種不太討喜的細菌。它對抗生素不太友善，感染到的病人多半狀況不單純，而且在舊的鑑定系統裡，它常常被歸類成一個大家聽過、但又不算真的很了解的名字——伊莉莎白菌。 一開始，大家以為事情就這樣。環境菌、偶發感染、臨床上很麻煩，但也談不上什麼特別的「事件」。
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