Genomics – 微生物基因體核心研究室

May 4, 2024 onion

Ubuntu22 for MinION mk1B (安裝筆記)

我們把舊的電腦工作站SSD化之後，想要用來跑Nanopore定序(配合mk1B)。以下內容是安裝過程的筆記。我們要安裝的是Ubuntu 22 (Jammy Jellyfish)還有MinKNOW，說簡單是蠻間單的，但是中間也有遇到一些些小狀況。

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November 21, 2023 member

PGAP安裝筆記

2023 by RY Li PGAP github連結：https://github.com/ncbi/pgap/wiki

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May 30, 2023 onion

CulebrONT安裝筆記

基因體散彈槍定序的生物資訊工具很多，由於核酸定序的數據樣態隨著科技進步不斷改變，怎樣選擇這些生物資訊工具其實是個大問題。我們來試試這個CulebrONT，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程，這篇是我們的安裝筆記。CulebrONT發表原文出處