微生物基因體研究室 Microbial Genomics Lab

Using genomics and bioinformatics to understand antimicrobial resistance, outbreaks, and emerging microbial threats

Genomics

blognewsResearch

From Idea to Genome: Reconstructing Wolbachia Using Adaptive Sampling

onion

從「讀取」到「選擇」：Adaptive Sampling 如何改變基因體定序的可能性 我們最近將一項研究成果放上了 bioRxiv：https://doi.org/10.64898/2026.03.25.714109這項工作，其實從一個很單純的問題開始。 胞內共生菌的基因體 Wolbachia 是一種存在於昆蟲體內的胞內共生菌，在基礎研究與病媒控制中都相當重要。 但在實務上，它一直有一個困難—— 它幾乎永遠被宿主的 DNA 淹沒。 Wolbachia只能長在細胞裡面，它並不像平常大腸菌那樣可以被分離出來用培養基培養。因為沒辦法把它獨自分離出來，當我們將整隻蚊子的 DNA 萃取進行定序時，得到的絕大多數的序列都會來自宿主本身。 Wolbachia 的基因體約為 1.5 Mb，而蚊子的基因體則約為 1.4

Read More
blognewsResearch

基因體告訴我們的事：關於人類適應型 MRSA CC398

onion

Genomic and phylogenetic characterization of human-adapted methicillin-resistant Staphylococcus aureus clonal complex 398 lineages in Taiwan Microbiology Spectrum https://doi.org/10.1128/spectrum.02090-25 其實在臨床上談到 MRSA，多半還是把它當成一個「抗藥性很麻煩的細菌」來理解。但如果把時間拉長來看，MRSA 從來就不只是醫院裡的問題，它一直在不同環境之間流動，也在不同宿主之間嘗試適應。 在開始談這項研究之前，或許還是需要先簡單說明一下，什麼是

Read More
blog

CulebrONT安裝筆記

onion

基因體散彈槍定序的生物資訊工具很多，由於核酸定序的數據樣態隨著科技進步不斷改變，怎樣選擇這些生物資訊工具其實是個大問題。我們來試試這個CulebrONT，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程，這篇是我們的安裝筆記。CulebrONT發表原文出處

Read More