微生物基因體核心研究室

Microbial Genomics Core Laboratory, Graduate Institute of Genomics and Bioinformatics, NCHU, Taiwan

FreeBSD

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vi

vi是一個古老(?)的文字編輯器,它廣泛被預設安裝在各種Linux與FreeBSD系統上(還有MacOS),可以直接透過CLI(command line interface)來操作。對於學習生物資訊的同學來說,你可能經常會需要透過SSH練線來編輯或修改一些用手稿語言寫成的文件。如果能熟悉vi的基本操作,對工作的效率會有很大的幫助。不過學習vi編輯器的使用,對於一向習慣使用視窗環境的初學者來說,會需要一些時間和耐性。以下整理了我在課堂上所講的相關內容: 操作時的三種模式 一般人因為在視窗環境下使用文字編輯器(譬如Word),可能已經習慣了透過滑鼠操作視窗選單,快速選單,各種快捷按鈕去編輯文件。然而當我們在CLI下編輯純文字文件的時候,上述那些選單裡面許多的功能,譬如一些格式設定,各種插入圖像表格的功能其實都是不需要或不存在的。想像你只有靠鍵盤在編輯純文字的話,你覺得一個文字編輯器應該具備哪些功能?這些功能如何讓使用者在鍵盤上達成呢?沒錯!你不可避免的需要用到一些快捷鍵。 用鍵盤輸入文字,最陽春的想法就是像打字機一樣的模式吧?但是電腦跟打字機不一樣,打字機都是一行一行從頭打到尾,在電腦的文字編輯過程中,我們通常可以靠游標的移動,選擇從文件不同的位置進行編輯。所以有些時候,鍵盤的功能不僅是要輸入本文的字元,而是要被拿來下編輯命令,譬如你可呢希望按下按鍵時,是移動游標、刪除游標上的文字、複製、貼上等等。有時候則是像打字機一樣純粹用鍵盤進行字元的輸入。而在第三種情境裡,你還會需要在鍵盤上它進行存檔、離開編輯器等操作。因此vi編輯器有三種主要的模式:命令模式(Command Mode)、插入模式(Insert Mode)、和所謂的最後一行模式(Last Line Mode)。 首先,你可以在CLI裡面打vi啟用vi文字編輯器,並且進入vi的畫面: 如果檔案不存在,vi會自己建立一個新的檔案 命令模式(Command Mode) 當 vi 啟動時,默認處於命令模式。在命令模式下,vi 將你輸入的任何字符解釋為命令,而不是文本。因此你在這個模式下看不到你在鍵盤上按下的東西。命令模式允許你在文件中進行移動游標、刪除、複製或粘貼文本等動作。 以下是在命令模式裡的一些基本命令操作,請按Esc,進入命令模式,然後: 移動游標

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讓mySQL提供服務給外部使用

通常大家用電腦裝Apache-PHP-mySQL架設像是Wordpress之類的網站來玩的時候,你裝的mySQL server都是僅提供服務給位在同一台主機上的網站。這時候任何從外面來的mySQL服務請求,預設都是會被拒絕的。但是,如果你是要讓你的mySQL提供服務給其他主機使用,要怎麼修改設定呢?以下是簡單的做法:

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mySQL安裝與設定

MySQL 是一個快速、多執行緒、多用戶、強大的SQL(結構化查詢語言)資料庫伺服器。因為我們網站是用wordpress架的,wordpress是個基於PHP與MySQL的開源部落格軟體內容管理系統。要跑Wordpress,我們得提供它一個可以用的MySQL資料庫才行。而我們是這樣用ports在FreeBSD系統底下安裝與設定mySQL的,很簡單:

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安裝FreeBSD很簡單唷

我們研究室這個網站的作業系統用的是FreeBSD喔。FreeBSD是什麼呢?它是一個基於Berkley軟體發行版(BSD)的的類Unix開源作業系統。他的優點是穩定可靠,廣泛被用在網站伺服器。它能被安裝在如amd64, i386, ARM等各種不同架構的系統硬體上。

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