微生物基因體核心研究室

Microbial Genomics Core Laboratory, Graduate Institute of Genomics and Bioinformatics, NCHU, Taiwan

Nanopore

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CulebrONT安裝筆記(新）

現在拿長序列做基因體的散彈槍定序組裝，可以用的生物資訊工具真的很多。問題是，選用怎樣的工具組裝比較好？這個叫做culebrONT的開源Snakemake pipeline是一個很有用的東西，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程。以下是我們在舊的Z600電腦工作站上重新安裝culebrONT的筆記。 安裝作業系統 我們這台是修修補補過的HP Z600老電腦工作站，硬體規格是Xeon E5620x2 8 cores 24GB DDR3-1333 ECC Registered RAM (4GB*6) 1TB SATA SSD Nvidia GTX 1080

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MinKNOW update has encountered an error (Mk1C)

換R10之後，有一段時間沒有用這台mk1c，拿出來開機發現UI顯示系統軟體跟MinKNOW有一些更新可以安裝，手癢就按下去了。用UI進行系統軟體的更新沒有什麼問題，但是MinKNOW的部分就不行了。更新前這台的MinKNOW版本是23.07.12，從UI按下更新之後，會卡在這個： 這個用UI沒有辦法解決，重開機也沒有用，他底下寫了建議用apt-get update去試試看…. 意思就是要用SSH了吧 Mk1C是可以用SSH連上去的，首先你要知道他的IP，這不難，在UI介面上很容易找得到，這台走DHCP分到的IP是192.168.2.43。 拿我的Macbook Air從Terminal連進去吧： 帳號叫做minit，密碼也是minit 爲什麼？先前有一個很妙的東西叫做minit你們知道吧？那時候呀… (秘密). 進去之後照這個頁面的作法apt看看 但是不行，簡單來說你要安裝 Guppy basecaller 時，需要從 ONT 官方網站或指導中獲取必要的密鑰，這些密鑰不在 Ubuntu 的預設軟體倉庫中，你得去 ONT（Oxford

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CulebrONT安裝筆記

基因體散彈槍定序的生物資訊工具很多，由於核酸定序的數據樣態隨著科技進步不斷改變，怎樣選擇這些生物資訊工具其實是個大問題。我們來試試這個CulebrONT，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程，這篇是我們的安裝筆記。CulebrONT發表原文出處

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