微生物基因體研究室

Microbial Genomics Core Laboratory, Graduate Institute of Genomics and Bioinformatics, NCHU, Taiwan

Bioinformatics

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Nanopore的魚類圖鑑

大家知道一直以來我們做Nanopore Sequencing 會接觸到的許多軟體其實都是用魚的名字命名的嗎？(如果鯛魚燒也算的話) Dorado: https://github.com/nanoporetech/dorado Guppy: https://nanoporetech.com/software/other/guppy Albacore: https://nanoporetech.com/news/news-new-basecaller-now-performs-raw-basecalling-improved-sequencing-accuracy Medaka: https://github.com/nanoporetech/medaka Taiyaki: https://github.com/nanoporetech/taiyaki … and more fish: Comparison of Oxford

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CulebrONT安裝筆記(新）

現在拿長序列做基因體的散彈槍定序組裝，可以用的生物資訊工具真的很多。問題是，選用怎樣的工具組裝比較好？這個叫做culebrONT的開源Snakemake pipeline是一個很有用的東西，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程。以下是我們在舊的Z600電腦工作站上重新安裝culebrONT的筆記。 安裝作業系統 我們這台是修修補補過的HP Z600老電腦工作站，硬體規格是Xeon E5620x2 8 cores 24GB DDR3-1333 ECC Registered RAM (4GB*6) 1TB SATA SSD Nvidia GTX 1080

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CulebrONT安裝筆記

基因體散彈槍定序的生物資訊工具很多，由於核酸定序的數據樣態隨著科技進步不斷改變，怎樣選擇這些生物資訊工具其實是個大問題。我們來試試這個CulebrONT，他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等，幫助你進行各種方案間的比較，讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程，這篇是我們的安裝筆記。CulebrONT發表原文出處

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