使用MinKNOW做basecalling時出現的255 error? 以及如何解決

作者：葉文盛

我們想試著把一些先前用Nanopore定序產生出來的raw data搬來剛剛安裝好minknow 的這台工作站上來跑basecalling，但是出現了問題。簡單來說，在預設的情況下如果不把raw data搬到特定的目錄底下，是不能作basecalling的喔！

• 以下是官網說明我們試著進入user_conf底下查看
• https://nanoporetech.com/support/software/general/how-do-i-change-the-directory-for-the-reads-folder-6627927

cd /opt/ont/minknow/conf
vi user_conf
/base

我們發現MinKNOW讀取資料的預設路徑是/var/lib/minknow/data，但光是搬過來還不夠，必須解決檔案擁有者權限的問題

• 我們把資料移到/var/lib/minknow/data的底下

mv ~/Desktop/data_test/ ./data/

• 將目錄的權限改成minknow並檢查權限有無更改

sudo chown minknow -R data_test
ls -la

• 將目錄群組的權限改成minknow並檢查權限有無更改

sudo chgrp minknow -R data_test
ls- la

• 成功讓MinKNOW的basecalling運作