Nanopore的魚類圖鑑

大家知道一直以來我們做Nanopore Sequencing 會接觸到的許多軟體其實都是用魚的名字命名的嗎？(如果鯛魚燒也算的話)

原本只是作Nanopore定序，沒想到意外開啟了「魚類小圖鑑」之路。從長鰭鮪魚, 孔雀魚, 竹筴魚, 鬼頭刀到鯛魚(燒)等等，這些原本對我們做細菌的來說只是陌生的英文單字，現在竟然變成了熟悉的水中夥伴。誰會想到，一個做基因體生物資訊的人，最後記住魚的名字不是因為接觸魚類生態課，也不是釣魚，而是因為…軟體。學習的路上常常充滿意外的收穫，而這些魚的名字，也為我們在實驗室的工作多增添了幽默感和生命力。

Dorado: https://github.com/nanoporetech/dorado

Guppy: https://nanoporetech.com/software/other/guppy

Albacore: https://nanoporetech.com/news/news-new-basecaller-now-performs-raw-basecalling-improved-sequencing-accuracy

Medaka: https://github.com/nanoporetech/medaka

Taiyaki: https://github.com/nanoporetech/taiyaki

… and more fish:

Comparison of Oxford Nanopore basecalling tools: https://github.com/gedoardo83/Nanopore_Basecalling-comparison