vi
vi是一個古老(?)的文字編輯器，它廣泛被預設安裝在各種Linux與FreeBSD系統上(還有MacOS)，可以直接透過CLI(command line interface)來操作。對於學習生物資訊的同學來說，你可能經常會需要透過SSH練線來編輯或修改一些用手稿語言寫成的文件。如果能熟悉vi的基本操作，對工作的效率會有很大的幫助。不過學習vi編輯器的使用，對於一向習慣使用視窗環境的初學者來說，會需要一些時間和耐性。以下整理了我在課堂上所講的相關內容：
操作時的三種模式
一般人因為在視窗環境下使用文字編輯器(譬如Word)，可能已經習慣了透過滑鼠操作視窗選單，快速選單，各種快捷按鈕去編輯文件。然而當我們在CLI下編輯純文字文件的時候，上述那些選單裡面許多的功能，譬如一些格式設定，各種插入圖像表格的功能其實都是不需要或不存在的。想像你只有靠鍵盤在編輯純文字的話，你覺得一個文字編輯器應該具備哪些功能？這些功能如何讓使用者在鍵盤上達成呢？沒錯！你不可避免的需要用到一些快捷鍵。
用鍵盤輸入文字，最陽春的想法就是像打字機一樣的模式吧？但是電腦跟打字機不一樣，打字機都是一行一行從頭打到尾，在電腦的文字編輯過程中，我們通常可以靠游標的移動，選擇從文件不同的位置進行編輯。所以有些時候，鍵盤的功能不僅是要輸入本文的字元，而是要被拿來下編輯命令，譬如你可呢希望按下按鍵時，是移動游標、刪除游標上的文字、複製、貼上等等。有時候則是像打字機一樣純粹用鍵盤進行字元的輸入。而在第三種情境裡，你還會需要在鍵盤上它進行存檔、離開編輯器等操作。因此vi編輯器有三種主要的模式：命令模式(Command Mode)、插入模式(Insert Mode)、和所謂的最後一行模式(Last Line Mode)。
首先，你可以在CLI裡面打vi啟用vi文字編輯器，並且進入vi的畫面：
vi filename如果檔案不存在，vi會自己建立一個新的檔案
命令模式(Command Mode)
當 vi 啟動時，默認處於命令模式。在命令模式下，vi 將你輸入的任何字符解釋為命令，而不是文本。因此你在這個模式下看不到你在鍵盤上按下的東西。命令模式允許你在文件中進行移動游標、刪除、複製或粘貼文本等動作。
- 進入命令模式：按
Esc鍵。從其它模式切換到命令模式都是這樣。簡單來說，如果你也不確定你當下是什麼模式，你先按Esc再下命令就對了。
以下是在命令模式裡的一些基本命令操作，請按Esc，進入命令模式，然後：
移動游標
- 左移：按 h
- 右移：按 l
- 上移：按 k
- 下移：按 j
- 到當前這行的最前面：按 0
- 到當前這行的最後面：按 $
- 到文件的最後(最底下)：按 G
- 到文件的開頭(最上面)：按 gg
- 到下一頁：Ctrl + f
- 到上一頁：Ctrl + b
刪除
- 刪除當前字元：按 x
- 刪除當前行：按 dd
搜尋文字
按 /，輸入要搜尋的文字，譬如 example，然後按 Enter。vi 會跳到下一個出現 example 的位置。
跳到下一個匹配項：按小寫 n，會跳到下一個匹配的 example。
跳到上一個匹配項：按大寫 N，會跳到上一個匹配的 example。
注意：在 vi 編輯器中搜尋包含特殊字元的內容時，需要對這些特殊字元前面加上 \，讓 vi 知道你是要搜尋這些字元本身，而不是它們的特殊含義。譬如說 /，請打\/，而 ?變成\?，*變成\*，+變成\* 等等。常見的情況例如你要搜尋文件裡面的 /opt/anaconda3/bin/python3 ，你就要在命令模式下(Esc)，輸入 /\/opt\/anaconda3\/bin\/python3 然後按下Enter搜尋喔！
複製和粘貼
- 複製當前行：按 yy
- 粘貼：按 p
全部取代
將文本中的每一個apples都換成bananas
:%s/apples/bananas/g
當我們把檔案在不同的作業系統之間傳送的時候，偶爾會錯誤地出現一堆所謂換行符號。當你在 Unix 系統中打開一個從 DOS/Windows 系統傳來的文件時，可能會看到每行結尾處有一個額外的 ^M 符號(所謂的carriage-return character)，這是因為來自DOS/Windows的文件用所謂的CRLF來標註每一行的結尾，它的樣子像\r\n， 在Unix 系統下這些符號會被顯示為一個看起來像是 ^M 的符號 (它是一個符號不是兩個)。有一些老的Perl手稿上傳到Linux裡面不能用，常常是這種原因。這樣的問題其實只要把這些符號去除就可以完全解決了。用vi開啟編輯這樣的檔案，你會看到在每一行的盡頭都出現了一個像是^M的符號。以下是在vi中去除掉所有^M的方法。附帶一提，這個^M符號輸入的方法是按下 (Ctrl+v+m)
:%s/^M//g
插入模式(Insert Mode)
進入插入模式：在命令模式下，按 i 進入插入模式 (或者按a，差別是會把輸入的內容append在游標後面一個位置)。
在插入模式下，你用鍵盤輸入的所有字元都會被視為文本被插入在游標的位置上。簡單來說這就是打字模式！
你可以隨時按 Esc 鍵離開插入模式，進入命令模式。
最後一行模式(Last Line Mode, Escape Mode)
從命令模式下，按冒號 (:) 就可以進入最後一行模式，做存檔、離開等動作。按下Enter則會回到Command Mode。當你在插入模式下要進入最後一行模式，你會需要先按Esc (到命令模式)，然後按下冒號 (:) (從命令模式進入到最後一行模式)
退出 vi
- 存檔並退出：: (冒號鍵) + wq + Enter
- 直接退出(不存檔)：: (冒號鍵) + q! + Enter
