PGAP安裝筆記

2023 by RY Li

PGAP github連結：https://github.com/ncbi/pgap/wiki

運行PGAP前需要以下條件：

• Python (version 3.6 or higher)

• the ability to run Docker (see https://docs.docker.com/install/ if it is not already installed), Singularity, or Podman

• about 100GB of storage for the supplemental data and working space

• and 2GB-4GB of memory available per CPU used by your container.

• The CPU must have SSE 4.2 support (released in 2008).

將PGAP 安裝於Z2工作站，作業系統是Ubuntu，並已經安裝好Python 及 Singularity (參照CulebrONT安裝筆記)：

Download

$ wget -O pgap.py https://github.com/ncbi/pgap/raw/prod/scripts/pgap.py

默認情況下，於家目錄 $home 下會有 pgap.py 檔案

$ chmod +x pgap.py

$ ./pgap.py --update

檔案有很大要下載一陣子 家目錄會出現 .pgap 的資料夾，這樣就安裝完成了～簡單唄

測試安裝

$ ./pgap.py -r -o mg37_results -g ./pgap/test_genome/MG37/ASM2732v1.annotation.nucleotide.1.fasta -s 'Mycoplasmoides genitalium'

註解自己的fasta檔案

$ ./pgap.py -r -o <results> -g <fasta> -s '<organism_name>'

如果不確定物種名稱 (organism_name)，可以填上有可能的物種名稱，

在加上 --taxcheck 跟 –-auto-correct-tax，就會自動進行 ANI 分析並依據ANI物種鑑定的結果進行註解喔

$ ./pgap.py -r -o <results> -g <fasta> --taxcheck --auto-correct-tax -s '<organism_name>'

• 另外我請ChatGPT幫我寫了一個簡單的 script，可以一次註解多個樣本：

#!/bin/bash

for sample in {01..12}; do
    ./pgap.py -r -o "MRSA_${sample}_results_ANI" -g "/home/onion/112_wgs_data/MRSA_assembly/${sample}/assembly.fasta" --taxcheck -s 'Staphylococcus aureus'
done