微生物基因體核心研究室

Microbial Genomics Core Laboratory, Graduate Institute of Genomics and Bioinformatics, NCHU, Taiwan

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CulebrONT安裝筆記(新)

現在拿長序列做基因體的散彈槍定序組裝,可以用的生物資訊工具真的很多。問題是,選用怎樣的工具組裝比較好?這個叫做culebrONT的開源Snakemake pipeline是一個很有用的東西,他可以用來運行各種的散彈槍定序組裝的生物資訊工具、修正(polishing)、甚至於(有必要的話)把序列圈起來等等,幫助你進行各種方案間的比較,讓使用者可以建構適合自己的理想工作流程。以下是我們在舊的Z600電腦工作站上重新安裝culebrONT的筆記。 安裝作業系統 我們這台是修修補補過的HP Z600老電腦工作站,硬體規格是Xeon E5620x2 8 cores 24GB DDR3-1333 ECC Registered RAM (4GB*6) 1TB SATA SSD Nvidia GTX 1080

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MinKNOW update has encountered an error (Mk1C)

換R10之後,有一段時間沒有用這台mk1c,拿出來開機發現UI顯示系統軟體跟MinKNOW有一些更新可以安裝,手癢就按下去了。用UI進行系統軟體的更新沒有什麼問題,但是MinKNOW的部分就不行了。更新前這台的MinKNOW版本是23.07.12,從UI按下更新之後,會卡在這個: 這個用UI沒有辦法解決,重開機也沒有用,他底下寫了建議用apt-get update去試試看…. 意思就是要用SSH了吧 Mk1C是可以用SSH連上去的,首先你要知道他的IP,這不難,在UI介面上很容易找得到,這台走DHCP分到的IP是192.168.2.43。 拿我的Macbook Air從Terminal連進去吧: 帳號叫做minit,密碼也是minit 爲什麼?先前有一個很妙的東西叫做minit你們知道吧?那時候呀… (秘密). 進去之後照這個頁面的作法apt看看 但是不行,簡單來說你要安裝 Guppy basecaller 時,需要從 ONT 官方網站或指導中獲取必要的密鑰,這些密鑰不在 Ubuntu 的預設軟體倉庫中,你得去 ONT(Oxford

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vi

vi是一個古老(?)的文字編輯器,它廣泛被預設安裝在各種Linux與FreeBSD系統上(還有MacOS),可以直接透過CLI(command line interface)來操作。對於學習生物資訊的同學來說,你可能經常會需要透過SSH練線來編輯或修改一些用手稿語言寫成的文件。如果能熟悉vi的基本操作,對工作的效率會有很大的幫助。不過學習vi編輯器的使用,對於一向習慣使用視窗環境的初學者來說,會需要一些時間和耐性。以下整理了我在課堂上所講的相關內容: 操作時的三種模式 一般人因為在視窗環境下使用文字編輯器(譬如Word),可能已經習慣了透過滑鼠操作視窗選單,快速選單,各種快捷按鈕去編輯文件。然而當我們在CLI下編輯純文字文件的時候,上述那些選單裡面許多的功能,譬如一些格式設定,各種插入圖像表格的功能其實都是不需要或不存在的。想像你只有靠鍵盤在編輯純文字的話,你覺得一個文字編輯器應該具備哪些功能?這些功能如何讓使用者在鍵盤上達成呢?沒錯!你不可避免的需要用到一些快捷鍵。 用鍵盤輸入文字,最陽春的想法就是像打字機一樣的模式吧?但是電腦跟打字機不一樣,打字機都是一行一行從頭打到尾,在電腦的文字編輯過程中,我們通常可以靠游標的移動,選擇從文件不同的位置進行編輯。所以有些時候,鍵盤的功能不僅是要輸入本文的字元,而是要被拿來下編輯命令,譬如你可呢希望按下按鍵時,是移動游標、刪除游標上的文字、複製、貼上等等。有時候則是像打字機一樣純粹用鍵盤進行字元的輸入。而在第三種情境裡,你還會需要在鍵盤上它進行存檔、離開編輯器等操作。因此vi編輯器有三種主要的模式:命令模式(Command Mode)、插入模式(Insert Mode)、和所謂的最後一行模式(Last Line Mode)。 首先,你可以在CLI裡面打vi啟用vi文字編輯器,並且進入vi的畫面: 如果檔案不存在,vi會自己建立一個新的檔案 命令模式(Command Mode) 當 vi 啟動時,默認處於命令模式。在命令模式下,vi 將你輸入的任何字符解釋為命令,而不是文本。因此你在這個模式下看不到你在鍵盤上按下的東西。命令模式允許你在文件中進行移動游標、刪除、複製或粘貼文本等動作。 以下是在命令模式裡的一些基本命令操作,請按Esc,進入命令模式,然後: 移動游標

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