微生物基因體核心研究室

Microbial Genomics Core Laboratory, Graduate Institute of Genomics and Bioinformatics, NCHU, Taiwan

blog

MinKNOW update has encountered an error (Mk1C)

換R10之後,有一段時間沒有用這台mk1c,拿出來開機發現UI顯示系統軟體跟MinKNOW有一些更新可以安裝,手癢就按下去了。用UI進行系統軟體的更新沒有什麼問題,但是MinKNOW的部分就不行了。更新前這台的MinKNOW版本是23.07.12,從UI按下更新之後,會卡在這個:

MinKNOW update has encountered an error
Update failed. Reboot your device. If the problem persists contact Oxford Nanopore Tech Support by logging in to your Community
account and following the links to Support.

這個用UI沒有辦法解決,重開機也沒有用,他底下寫了建議用apt-get update去試試看…. 意思就是要用SSH了吧

Mk1C是可以用SSH連上去的,首先你要知道他的IP,這不難,在UI介面上很容易找得到,這台走DHCP分到的IP是192.168.2.43。

拿我的Macbook Air從Terminal連進去吧:

帳號叫做minit,密碼也是minit

爲什麼?先前有一個很妙的東西叫做minit你們知道吧?那時候呀… (秘密).

進去之後照這個頁面的作法apt看看

但是不行,簡單來說你要安裝 Guppy basecaller 時,需要從 ONT 官方網站或指導中獲取必要的密鑰,這些密鑰不在 Ubuntu 的預設軟體倉庫中,你得去 ONT(Oxford Nanopore Technologies)那裡拿到密鑰。

這裡有解決的方法如下:

sudo apt-get update
sudo apt-get install wget lsb-release
export PLATFORM=$(lsb_release -cs)

wget -O- https://mirror.oxfordnanoportal.com/apt/ont-repo.pub | sudo apt-key add -

echo "deb http://mirror.oxfordnanoportal.com/apt ${PLATFORM}-stable non-free" | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/nanoporetech.sources.list

下載完成之後,你應該可以成功進行apt update了:

sudo apt-get update
sudo apt install ont-mk1c-release

完工之後 sudo reboot,重新開機之後,UI上就出現這個畫面了!成功啦!