Lectures
Lectures in Graduate Institute of Genomics and Bioinformatics including在基資所開設的課程：
- 微生物遺傳與基因體特論(選修)
- Functional Biology 功能性生物學(合授)
- Shotgun Sequencing – principle and experiments 散彈槍定序原理與實習(下半學期選修/英語授課)
About the course ‘Shotgun Sequencing – principles and experiments’ (EMI):
Shotgun sequencing is the core technology in genomic research. When sequencing genomes, the genomic DNA is first fragmented into small pieces for DNA sequencing. After sequencing, the resulting overlapping reads are then assembled by computer to generate the complete genome. With the modern DNA sequencing technologies, whole genome sequencing and assembly of small genomes such as bacterial species can be done rapidly. Genome sequencing is the basis of modern precision medicine and has been widely used in studying animals, plants, or microorganisms. In this course, the students will be introduced with ample background knowledge about shotgun sequencing and a bacterial genome project will be conducted. This will including DNA extraction and purification, QC, library preparation and sequencing experiments using Nanopore and Illumina sequencers, and also subsequent computer works with bioinformatics pipelines.
散彈槍定序(Shotgun Sequencing)是基因體學研究的核心技術，在進行各種基因體的定序時，先將基因體分成小的片段進行DNA定序，再利用讀取的片段序列的交疊來進行組裝，以生成完整的基因體序列。它可以快速、高效地用來定序生物的整個基因體。不僅可以用於鑒定基因中的變異、研究基因體結構，也能用來發現新的基因。基因體定序不僅是現代精準醫療的基礎、現在也被廣泛應用在人類以外的各種動植物及微生物等的研究領域上。課程中，我們除了講授背景知識之外，會特別以一個細菌基因體計畫(genome project)作為執行的藍本，在這門課程中進行問題導向的包括基因體定序實驗與生物資訊結合的實作。使學習者能理解並掌握這項基因體學的核心技術。
這門課程採取EMI全英語授課。課程內容從各種高通量基因體定序技術的原理介紹以及散彈槍定序的策略設計開始，實驗課的部分包含四週Illumina短序列定序以及Nanopore長序列定序的實作。基因體生物資訊的教學部分，有規劃五週從Linux工作站的使用與CLI的操作、Scripting Language的使用(shell script/python)，由淺入深進入基因體組裝分析與視覺化的各種軟體套件的安裝使用。這個課程使用細菌的基因體定序作為題材，參與課程的同學將從基因體DNA的純化、QC，不同定序庫的製作與高通量定序的上機實驗，一路學習到序列的粗數據處理、組裝、註解、比較基因體學、常用資料庫的操作，以及視覺化的分析。課程進行的方式一部分採用課堂講授(包含影音多媒體)，實驗室的操作課程，以及電腦教室的生物資訊實作課。授課的教師有二十多年執行各種基因體計畫的經驗，整體強調在基因體計畫中因應不同平台的策略比較與考量、並且涵蓋了各種實務上技術問題的可能原因與解決方式。這門課的另一個特色是，在學期中都有規劃一個國家衛生研究院核心設施的參訪日，由開課老師帶領修課程的同學到國衛院參觀高通量基因體設施，包含大型的Illumina定序平台、傳統的Sanger自動定序、以及第三代的定序設施等。
參與大學部與其它系所課程講授：
- Biochemistry 生物化學(食生系)
- 生物資訊學暨實習(生科系)
- 基因體暨生物資訊學(生科院)
- 基因體學(生醫所)
- Cell Biology 細胞生物學(生技學程)
- 生命科學與生物資訊趣談(通識課)