Using genomics and bioinformatics to understand antimicrobial resistance, outbreaks, and emerging microbial threats
從「讀取」到「選擇」：Adaptive Sampling 如何改變基因體定序的可能性 我們最近將一項研究成果放上了 bioRxiv：https://doi.org/10.64898/2026.03.25.714109這項工作，其實從一個很單純的問題開始。 胞內共生菌的基因體 Wolbachia 是一種存在於昆蟲體內的胞內共生菌，在基礎研究與病媒控制中都相當重要。 但在實務上，它一直有一個困難—— 它幾乎永遠被宿主的 DNA 淹沒。 Wolbachia只能長在細胞裡面，它並不像平常大腸菌那樣可以被分離出來用培養基培養。因為沒辦法把它獨自分離出來，當我們將整隻蚊子的 DNA 萃取進行定序時，得到的絕大多數的序列都會來自宿主本身。 Wolbachia 的基因體約為 1.5 Mb，而蚊子的基因體則約為 1.4
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Genomic and phylogenetic characterization of human-adapted methicillin-resistant Staphylococcus aureus clonal complex 398 lineages in Taiwan Microbiology Spectrum https://doi.org/10.1128/spectrum.02090-25 其實在臨床上談到 MRSA，多半還是把它當成一個「抗藥性很麻煩的細菌」來理解。但如果把時間拉長來看，MRSA 從來就不只是醫院裡的問題，它一直在不同環境之間流動，也在不同宿主之間嘗試適應。 在開始談這項研究之前，或許還是需要先簡單說明一下，什麼是
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PLoS One. 2014 May 22;9(5):e96292. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/24852749 研究在問什麼問題？在完成 Klebsiella pneumoniae 1084 的完整基因體定序後，我們注意到其染色體上存在一段結構與功能都相當不尋常的 genomic island。過去多項流行病學研究指出，K. pneumoniae 引起的肝膿瘍與宿主日後罹患癌症的風險之間存在統計上的關聯，但背後的生物學機制並不清楚。本研究關注的是，K. pneumoniae 是否可能透過特定基因體區段，對宿主細胞造成直接的 DNA 層級影響，進而提供一個潛在的解釋。 使用了什麼方法？我們首先在 K. pneumoniae 1084 的全基因體序列中，辨識出一段長約 208 kb
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The Evolutionary Trend and Genomic Features of an Emerging Lineage of Elizabethkingia anophelis Strains in Taiwan https://doi.org/10.1128/spectrum.01682-21 有些研究，回頭看才會發現，它其實早就開始了，只是當時我們還不知道。 幾年前，我們在醫院裡看到一種不太討喜的細菌。它對抗生素不太友善，感染到的病人多半狀況不單純，而且在舊的鑑定系統裡，它常常被歸類成一個大家聽過、但又不算真的很了解的名字——伊莉莎白菌。 一開始，大家以為事情就這樣。環境菌、偶發感染、臨床上很麻煩，但也談不上什麼特別的「事件」。
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