About us
Welcome to the website of Prof. Ying-Tsong Chen and his research group. We study bacterial pathogens by genome sequencing and bioinformatics.
您好！這是國立中興大學基因體暨生物資訊研究所(基資所)的微生物基因體研究室的網站。基資所位於中興大學裡的動植物防檢疫大樓，我們實驗室是在七樓的711室。
研究室主持人陳盈璁博士是在2010年來到基資所任教，本研究室成立至今的研究方向主要是利用基因體學的技術探討人類致病菌的抗藥性、致病性、與新興細菌感染症的分子演化。過去陳博士一直從事細菌基因體相關的研究工作，曾完成了許多指標性的基因體計畫，譬如克雷白氏肺炎菌(Klebsiella pneumoniae)大型毒性質體pLVPK的序列分析、本土首例NDM-1超級細菌的全基因體定序、台灣最具代表性的金黃色葡萄球菌Staphylococcus aureus ST59的全基因體定序、發現並發表了第一個基因毒性(genotoxic)克雷白氏肺炎菌的全基因體定序等。
我們研究室的成員主要來自本校基資所碩士班的研究生，博班生則來自本校生科院醫學科學博士學位學程。此外，我們研究室也接受本院在職專班的碩士班學生。
對，我們自己做定序。(Yes, we sequencing genomes.)
我們的核心技術主要是核酸定序與基因體的生物資訊分析。實驗室裡的工作經常是跨領域的，主要從細菌的培養、功能性實驗、高通量核酸定序、一直到各種生物資訊分析工具的應用等。因為跨領域的特性，我們一直以來歡迎各種不同的學習背景的同學加入我們，一起研究、學習、成長。
除了本校內各院所，我們與國家衛生研究院、彰化基督教醫院、中山醫學大學、中國醫藥大學等許多單位都有合作研究。
近年我們主要執行的科技部研究計劃有：
台灣沙門氏菌臨床分離株質體攜帶奎諾酮抗性的基因體學分析(國科會100年度)
尋找全基因體散彈槍定序數據中不能被選殖的基因(國科會100年度)
產酸克雷白氏菌之全基因體定序與分析(國科會101年度)
克雷白氏肺炎菌基因體小島的功能性基因體學研究(國科會102年度)
臨床細菌基因體學產業發展聯盟(科技部103年度)
臨床細菌基因體學產業發展聯盟(科技部104年度)
普通變形桿菌與奇異變形桿菌基因毒性株的基因體學研究(104年度)
克雷白氏肺炎菌K62基因毒性株之基因體學研究(105年度)
基於泛基因組的伊莉莎白菌院內群突發監測系統與其毒力因子的研究(107年度)
本土瘧蚊伊莉莎白菌群突發株的比較基因體與轉錄體研究(109年度)
對細菌的基因體學研究有興趣，歡迎與我們攜手一起努力喔！
為什麼我們對研究細菌有興趣？
不只是因為細菌比較小，系統比較簡單，研究起來比較容易，實驗做起來比較省錢而已….
歷經了35億年的演化，細菌不僅成功地生長在地球的每個有生命的角落，也支持著整個生物圈的生存。不管是從演化的時間，還是生存的範圍來說，微生物的基因庫可說是生命在地球生存的一部百科全書。雖然幾乎無所不在，但是細菌真正被我們所瞭解的其實還很少。相對於其他的生物，已知的細菌通常有著較小的基因體，從這樣的角度來看，細菌的基因體似乎也很適合被用來系統性的探討各種生命的基礎現象。
如果你是外星人，你想知道在地球上生存需要哪些基因，那麼研究細菌的基因體會是最好的方式。
您知道嗎？我們人類全身大約是由十兆個各式各樣的細胞構成的。即使在我們這副身體上，也隨時住著比我們自己的細胞還多上百千倍數量的細菌。細菌不止與我們的疾病有關，在我們的健康生活上，細菌也扮演著重要的角色。
不管來自外在環境或者其他物種的體內，很多的細菌其實從來沒有成功地在實驗室中被培養出來。高通量核酸定序技術(High throughput DNA sequencing technology)的發展，使我們得以發現並且研究這些微生物。細菌基因體學在近幾年蓬勃的發展。越來越多的細菌基因體可以快速廉價地被解碼。這些隻是將使得人類能在醫療、農業、廢棄污染處理、新能源開發、工業製程、乃至於太空科技上有更多新的啓發與突破。
我們的研究興趣是影響人類健康的細菌的基因體學研究，研究方向有二：第一，是針對抗藥性菌株的抗藥基因體學研究，尋找新的抗藥基因、分析抗藥基因在動基因體中的組成結構與可能的傳遞散播模式。第二，是利用基因體學研究細菌基因體中可能影響人類健康或破壞正常菌相平衡的毒性基因。
Strain/DNA Requests
Published materials are available for qualified researchers. Since some of the published bacterial strains/genetic materials are still under investigation, the distribution of these materials is regulated to avoid conflicts between ongoing projects. We are doing functional genomics research and most of the bacterial strains and DNA are provided by our collaborators. We do not own these materials and therefore do not keep the bacterial strains or DNA in our lab for long term.
If you are interested in getting the bacterial strains/DNA samples you may write a request email to Dr. Ying-Tsong Chen (onion@nchu.edu.tw). Please also provide a concise description on your research project, the research aims, and how the requested materials will help. For the bacterial strains collected/isolated by my collaborators, I will forward your request to them (mostly microbiologists from the hospitals/universities in Taiwan). Since in most of the circumstances they will carry out some functional studies after we finished/published the genomes, the materials will not be shared with other researchers for the same purpose as long as our collaborator still actively working on that same problem.
Recipients of materials should accept the responsibility to use the materials only for the purpose described in the request, not to pass on to a third person, unused materials should be destroyed at the termination of the project.
We have limited manpower and handling material transfer overseas is really a pain. If DNA alone is ok for you, please do not ask for bacterial strains.